高等教育研究所是学校组织高等教育改革研究的机构，也是推进高等教育理论研究和改革实践的职能部门。具体负责制定学校高等教育研究与管理的相关文件。研究高等教育形势、政策和走向，围绕国家教育政策、前沿热点问题和学校实际，开展专项课题研究，为学校改革发展提供决策参考。组织申报国家、省级高等教育研究项目及管理工作。负责编制校级教育教学研究课题的指南、申报、评审立项、结项验收工作。组织教学成果奖和优秀教研成果奖的评选和推荐工作。组织教学成果奖培育及推动成果转化工作。负责组织或参与有关教育教学研究的学术交流活动。负责教研项目资助经费的管理工作。负责产学研合作项目的立项申报、过程审核和优秀项目案例推荐工作。负责吉林省高等财经教育研究基地的建设与管理工作。负责建立学校高等教育研究数据资料库。